蛋白质组定量分析就是通过比较多个样品蛋白质组差异，来研究某种特定的生命现象。蛋白质组定量分析既可鉴定一个蛋白质组（定性分析），也可对不同蛋白组间表达差异进行分析（定量分析），获得某种或某些蛋白质与细胞功能、生理/病理变化、对外应答等信息。海一时代目前主要提供iTRAQ 和 Label-free 两种相对定量分析技术服务。
定量蛋白表达谱揭示神经元分化的动态变化过程
Quantitative map of proteome dynamics during neuronal differentiation
神经元细胞实现体外培养成为研究神经系统发育及功能的重要基础。研究显示在海马神经系统发育的不同阶段，mRNA的表达情况大不相同。另外，原代培养海马细胞的轴突特化过程与树突特化过程相比，基因的表达水平也相差甚远。此外，有学者将不同大脑区域和不同细胞类型包括大脑皮层神经元的转录组与大规模定量蛋白质组分析进行关联比较，发现在相当多情况下，由转录组测得的基因表达变化并不能完全反映蛋白水平的变化。在本篇文章中，作者以体外培养的神经细胞作为研究对象，比较不同神经细胞发育阶段蛋白质的动态变化。
本研究主要结果如下：
1.收集轴突生成特化（DIV1）、树突产生（DIV5）、突触形成及成熟（DIV14）三个阶段的神经细胞，结合稳定同位素二甲基标记与LC-MS/MS技术，共鉴定到6753个蛋白，其中三个阶段都有定量值的蛋白达4354个，其中1793个蛋白的差异变化超过2倍。
2.差异蛋白模糊聚类分析显示，参与细胞周期和DNA复制的蛋白例如DNA解旋酶等在早期神经细胞分化过程中表达逐步下调，与RNA代谢相关的蛋白、转录因子如Sox11等在DIV5到DIV14阶段表达下调。而一些参与多糖、氨基酸、脂质代谢的蛋白在DIV5到DIV14阶段表达上调，与细胞粘附、细胞间信号传递相关的蛋白如Egfr、Ntrk3等在DIV1到DIV5阶段表达持续上调。
3.本研究中观察到，NCAM1在树突生长锥中高度富集，到神经元发育后期，NCAM1广泛散布于树突质膜之上。另外，NCAM180敲除细胞株显示，NCAM180基因缺失后，轴突及树突的延伸受到明显的削弱。下一步，作者进一步探明NCAM180影响树突发育的具体机制。
结果展示：
图1. 神经元分化过程中蛋白质动态重塑
Frese C K, Mikhaylova M, Stucchi R, et al. Quantitative map of proteome dynamics during neuronal differentiation. Cell Reports. 2017;18(6): 1527-1542.
